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2022-09-03 22:05:03 +08:00

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15 | 内存为什么你的etcd内存占用那么高

你好,我是唐聪。

在使用etcd的过程中你是否被异常内存占用等现象困扰过比如etcd中只保存了1个1MB的key-value但是经过若干次修改后最终etcd内存可能达到数G。它是由什么原因导致的如何分析呢

这就是我今天要和你分享的主题etcd的内存。 希望通过这节课帮助你掌握etcd内存抖动、异常背后的常见原因和分析方法当你遇到类似问题时能独立定位、解决。同时帮助你在实际业务场景中为集群节点配置充足的内存资源遵循最佳实践尽量减少expensive request避免etcd内存出现突增导致OOM。

分析整体思路

当你遇到etcd内存占用较高的案例时你脑海中第一反应是什么呢

也许你会立刻重启etcd进程尝试将内存降低到合理水平避免线上服务出问题。

也许你会开启etcd debug模式重启etcd进程等复现然后采集heap profile分析内存占用。

以上措施都有其合理性。但作为团队内etcd高手的你在集群稳定性还不影响业务的前提下能否先通过内存异常的现场结合etcd的读写流程、各核心模块中可能会使用较多内存的关键数据结构推测出内存异常的可能原因

全方位的分析内存异常现场,可以帮助我们节省大量复现和定位时间,也是你专业性的体现。

下图是我以etcd写请求流程为例给你总结的可能导致etcd内存占用较高的核心模块与其数据结构。

从图中你可以看到当etcd收到一个写请求后gRPC Server会和你建立连接。连接数越多会导致etcd进程的fd、goroutine等资源上涨因此会使用越来越多的内存。

其次,基于我们04介绍的Raft知识背景它需要将此请求的日志条目保存在raftLog里面。etcd raftLog后端实现是内存存储核心就是数组。因此raftLog使用的内存与其保存的日志条目成正比它也是内存分析过程中最容易被忽视的一个数据结构。

然后当此日志条目被集群多数节点确认后在应用到状态机的过程中会在内存treeIndex模块的B-tree中创建、更新key与版本号信息。 在这过程中treeIndex模块的B-tree使用的内存与key、历史版本号数量成正比。

更新完treeIndex模块的索引信息后etcd将key-value数据持久化存储到boltdb。boltdb使用了mmap技术将db文件映射到操作系统内存中。因此在未触发操作系统将db对应的内存page换出的情况下etcd的db文件越大使用的内存也就越大。

同时,在这个过程中还有两个注意事项。

一方面其他client可能会创建若干watcher、监听这个写请求涉及的key etcd也需要使用一定的内存维护watcher、推送key变化监听的事件。

另一方面如果这个写请求的key还关联了LeaseLease模块会在内存中使用数据结构Heap来快速淘汰过期的Lease因此Heap也是一个占用一定内存的数据结构。

最后不仅仅是写请求流程会占用内存读请求本身也会导致内存上升。尤其是expensive request当产生大包查询时MVCC模块需要使用内存保存查询的结果很容易导致内存突增。

基于以上读写流程图对核心数据结构使用内存的分析,我们定位问题时就有线索、方法可循了。那如何确定是哪个模块、场景导致的内存异常呢?

接下来我就通过一个实际案例,和你深入介绍下内存异常的分析方法。

一个key使用数G内存的案例

我们通过goreman启动一个3节点etcd集群(linux/etcd v3.4.9)db quota为6G执行如下的命令并观察etcd内存占用情况

  • 执行1000次的put同一个key操作value为1MB
  • 更新完后并进行compact、defrag操作
# put同一个key执行1000次
for i in {1..1000}; do dd if=/dev/urandom bs=1024 
count=1024  | ETCDCTL_API=3 etcdctl put key  || break; done

# 获取最新revision并压缩
etcdctl compact `(etcdctl endpoint status --write-out="json" | egrep -o '"revision":[0-9]*' | egrep -o '[0-9].*')`

# 对集群所有节点进行碎片整理
etcdctl defrag --cluster

在执行操作前空集群etcd db size 20KBetcd进程内存36M左右分别如下图所示。

你预测执行1000次同样key更新后etcd进程占用了多少内存呢? 约37M 1G 2G3G 还是其他呢?

执行1000次的put操作后db大小和etcd内存占用分别如下图所示。

当我们执行compact、defrag命令后如下图所示db大小只有1M左右但是你会发现etcd进程实际却仍占用了2G左右内存。

整个集群只有一个key为什么etcd占用了这么多的内存呢是etcd发生了内存泄露吗

raftLog

当你发起一个put请求的时候etcd需通过Raft模块将此请求同步到其他节点详细流程你可结合下图再次了解下。

从图中你可以看到Raft模块的输入是一个消息/Msg输出统一为Ready结构。etcd会把此请求封装成一个消息提交到Raft模块。

Raft模块收到此请求后会把此消息追加到raftLog的unstable存储的entry内存数组中图中流程2并且将待持久化的此消息封装到Ready结构内通过管道通知到etcdserver图中流程3

etcdserver取出消息持久化到WAL中并追加到raftLog的内存存储storage的entry数组中图中流程5

下面是raftLog的核心数据结构它由storage、unstable、committed、applied等组成。storage存储已经持久化到WAL中的日志条目unstable存储未持久化的条目和快照一旦持久化会及时删除日志条目因此不存在过多内存占用的问题。

type raftLog struct {
   // storage contains all stable entries since the last snapshot.
   storage Storage


   // unstable contains all unstable entries and snapshot.
   // they will be saved into storage.
   unstable unstable


   // committed is the highest log position that is known to be in
   // stable storage on a quorum of nodes.
   committed uint64
   // applied is the highest log position that the application has
   // been instructed to apply to its state machine.
   // Invariant: applied <= committed
   applied uint64
}

从上面raftLog结构体中你可以看到存储稳定的日志条目的storage类型是StorageStorage定义了存储Raft日志条目的核心API接口业务应用层可根据实际场景进行定制化实现。etcd使用的是Raft算法库本身提供的MemoryStorage其定义如下核心是使用了一个数组来存储已经持久化后的日志条目。

// MemoryStorage implements the Storage interface backed
// by an in-memory array.
type MemoryStorage struct {
   // Protects access to all fields. Most methods of MemoryStorage are
   // run on the raft goroutine but Append() is run on an application
   // goroutine.
   sync.Mutex

   hardState pb.HardState
   snapshot  pb.Snapshot
   // ents[i] has raftLog position i+snapshot.Metadata.Index
   ents []pb.Entry
}

那么随着写请求增多内存中保留的Raft日志条目会越来越多如何防止etcd出现OOM呢

etcd提供了快照和压缩功能来解决这个问题。

首先你可以通过调整--snapshot-count参数来控制生成快照的频率其值默认是100000etcd v3.4.9早期etcd版本是10000也就是每10万个写请求触发一次快照生成操作。

快照生成完之后etcd会通过压缩来删除旧的日志条目。

那么是全部删除日志条目还是保留一小部分呢?

答案是保留一小部分Raft日志条目。数量由DefaultSnapshotCatchUpEntries参数控制默认5000目前不支持自定义配置。

保留一小部分日志条目其实是为了帮助慢的Follower以较低的开销向Leader获取Raft日志条目以尽快追上Leader进度。若raftLog中不保留任何日志条目就只能发送快照给慢的Follower这开销就非常大了。

通过以上分析可知如果你的请求key-value比较大比如上面我们的案例中是1M1000次修改那么etcd raftLog至少会消耗1G的内存。这就是为什么内存随着写请求修改次数不断增长的原因。

除了raftLog占用内存外MVCC模块的treeIndex/boltdb模块又是如何使用内存的呢

treeIndex

一个put写请求的日志条目被集群多数节点确认提交后这时etcdserver就会从Raft模块获取已提交的日志条目应用到MVCC模块的treeIndex和boltdb。

我们知道treeIndex是基于google内存btree库实现的一个索引管理模块在etcd中每个key都会在treeIndex中保存一个索引项(keyIndex)记录你的key和版本号等信息如下面的数据结构所示。

type keyIndex struct {
   key         []byte
   modified    revision // the main rev of the last modification
   generations []generation
}

同时你每次对key的修改、删除操作都会在key的索引项中追加一条修改记录(revision)。因此随着修改次数的增加etcd内存会一直增加。那么如何清理旧版本防止过多的内存占用呢

答案也是压缩。正如我在11压缩篇和你介绍的当你执行compact命令时etcd会遍历treeIndex中的各个keyIndex清理历史版本号记录与已删除的key释放内存。

从上面的keyIndex数据结构我们可知一个key的索引项内存开销跟你的key大小、保存的历史版本数、compact策略有关。为了避免内存索引项占用过多的内存key的长度不应过长同时你需要配置好合理的压缩策略。

boltdb

在treeIndex模块中创建、更新完keyIndex数据结构后你的key-value数据、各种版本号、lease等相关信息会保存到如下的一个mvccpb.keyValue结构体中。它是boltdb的valuekey则是treeIndex中保存的版本号然后通过boltdb的写接口保存到db文件中。

kv := mvccpb.KeyValue{
   Key:            key
   Value:          value
   CreateRevision: c
   ModRevision:    rev
   Version:        ver
   Lease:          int64(leaseID)
}

前面我们在介绍boltdb时提到过etcd在启动时会通过mmap机制将etcd db文件映射到etcd进程地址空间并设置mmap的MAP_POPULATE flag它会告诉Linux内核预读文件让Linux内核将文件内容拷贝到物理内存中。

在节点内存足够的情况下后续读请求可直接从内存中获取。相比read系统调用mmap少了一次从page cache拷贝到进程内存地址空间的操作因此具备更好的性能。

若etcd节点内存不足可能会导致db文件对应的内存页被换出。当读请求命中的页未在内存中时就会产生缺页异常导致读过程中产生磁盘IO。这样虽然避免了etcd进程OOM但是此过程会产生较大的延时。

从以上boltdb的key-value和mmap机制介绍中我们可知我们应控制boltdb文件大小优化key-value大小配置合理的压缩策略回收旧版本避免过多内存占用。

watcher

在你写入key的时候其他client还可通过etcd的Watch监听机制获取到key的变化事件。

那创建一个watcher耗费的内存跟哪些因素有关呢?

08Watch机制设计与实现分析中我和你介绍过创建watcher的整体流程与架构如下图所示。当你创建一个watcher时client与server建立连接后会创建一个gRPC Watch Stream随后通过这个gRPC Watch Stream发送创建watcher请求。

每个gRPC Watch Stream中etcd WatchServer会分配两个goroutine处理一个是sendLoop它负责Watch事件的推送。一个是recvLoop负责接收client的创建、取消watcher请求消息。

同时对每个watcher来说etcd的WatchableKV模块需将其保存到相应的内存管理数据结构中实现可靠的Watch事件推送。

因此watch监听机制耗费的内存跟client连接数、gRPC Stream、watcher数(watching)有关,如下面公式所示:

  • c1表示每个连接耗费的内存
  • c2表示每个gRPC Stream耗费的内存
  • c3表示每个watcher耗费的内存。
memory = c1 * number_of_conn + c2 * 
avg_number_of_stream_per_conn + c3 * 
avg_number_of_watch_stream

根据etcd社区的压测报告大概估算出Watch机制中c1、c2、c3占用的内存分别如下

  • 每个client连接消耗大约17kb的内存(c1)
  • 每个gRPC Stream消耗大约18kb的内存(c2)
  • 每个watcher消耗大约350个字节(c3)

当你的业务场景大量使用watcher的时候应提前估算下内存容量大小选择合适的内存配置节点。

注意以上估算并不包括watch事件堆积的开销。变更事件较多服务端、客户端高负载网络阻塞等情况都可能导致事件堆积。

在etcd 3.4.9版本中每个watcher默认buffer是1024。buffer内保存watch响应结果如watchID、watch事件watch事件包含key、value等。

若大量事件堆积将产生较高昂的内存的开销。你可以通过etcd_debugging_mvcc_pending_events_total指标监控堆积的事件数etcd_debugging_slow_watcher_total指标监控慢的watcher数来及时发现异常。

expensive request

当你写入比较大的key-value后如果client频繁查询它也会产生高昂的内存开销。

假设我们写入了100个这样1M大小的key 通过Range接口一次查询100个key 那么boltdb遍历、反序列化过程将花费至少100MB的内存。如下面代码所示它会遍历整个key-value将key-value保存到数组kvs中。

kvs := make([]mvccpb.KeyValue limit)
revBytes := newRevBytes()
for i revpair := range revpairs[:len(kvs)] {
   revToBytes(revpair revBytes)
   _ vs := tr.tx.UnsafeRange(keyBucketName revBytes nil 0)
   if len(vs) != 1 {
        ......    
   }
   if err := kvs[i].Unmarshal(vs[0]); err != nil {
        .......
   }

也就是说一次查询就耗费了至少100MB的内存、产生了至少100MB的流量随着你QPS增大后很容易OOM、网卡出现丢包。

count-only、limit查询在key百万级以上时也会产生非常大的内存开销。因为它们在遍历treeIndex的过程中会将相关key保存在数组里面。当key多时此开销不容忽视。

正如我在13 db大小中讲到的在master分支我已提交相关PR解决count-only和limit查询导致内存占用突增的问题。

etcd v2/goroutines/bug

除了以上介绍的核心模块、expensive request场景可能导致较高的内存开销外还有以下场景也会导致etcd内存使用较高。

首先是etcd中使用了v2的API写入了大量的key-value数据这会导致内存飙高。我们知道etcd v2的key-value都是存储在内存树中的同时v2的watcher不支持多路复用内存开销相比v3多了一个数量级。

在etcd 3.4版本之前etcd默认同时支持etcd v2/v3 APIetcd 3.4版本默认关闭了v2 API。 你可以通过etcd v2 API和etcd v2内存存储模块的metrics前缀etcd_debugging_store观察集群中是否有v2数据导致的内存占用高。

其次是goroutines泄露导致内存占用高。此问题可能会在容器化场景中遇到。etcd在打印日志的时候若出现阻塞则可能会导致goroutine阻塞并持续泄露最终导致内存泄露。你可以通过观察、监控go_goroutines来发现这个问题。

最后是etcd bug导致的内存泄露。当你基本排除以上场景导致的内存占用高后则很可能是etcd bug导致的内存泄露。

比如早期etcd clientv3的lease keepalive租约频繁续期bug它会导致Leader高负载、内存泄露此bug已在3.2.24/3.3.9版本中修复。

还有最近我修复的etcd 3.4版本的Follower节点内存泄露。具体表现是两个Follower节点内存一直升高Leader节点正常已在3.4.6版本中修复。

若内存泄露并不是已知的etcd bug导致那你可以开启pprof 尝试复现通过分析pprof heap文件来确定消耗大量内存的模块和数据结构。

小节

今天我通过一个写入1MB key的实际案例给你介绍了可能导致etcd内存占用高的核心数据结构、场景同时我将可能导致内存占用较高的因素总结为了下面这幅图你可以参考一下。

首先是raftLog。为了帮助slow Follower同步数据它至少要保留5000条最近收到的写请求在内存中。若你的key非常大你更新5000次会产生较大的内存开销。

其次是treeIndex。 每个key-value会在内存中保留一个索引项。索引项的开销跟key长度、保留的历史版本有关你可以通过compact命令压缩。

然后是boltdb。etcd启动的时候会通过mmap系统调用将文件映射到虚拟内存中。你可以通过compact命令回收旧版本defrag命令进行碎片整理。

接着是watcher。它的内存占用跟连接数、gRPC Watch Stream数、watcher数有关。watch机制一个不可忽视的内存开销其实是事件堆积的占用缓存你可以通过相关metrics及时发现堆积的事件以及slow watcher。

最后我介绍了一些典型的场景导致的内存异常如大包查询等expensive requestetcd中存储了v2 API写入的key goroutines泄露以及etcd lease bug等。

希望今天的内容能够帮助你从容应对etcd内存占用高的问题合理配置你的集群优化业务expensive request让etcd跑得更稳。

思考题

在一个key使用数G内存的案例中最后执行compact和defrag后的结果是2G为什么不是1G左右呢在macOS下行为是否一样呢

欢迎你动手做下这个小实验,分析下原因,分享你的观点。

感谢你的阅读,如果你认为这节课的内容有收获,也欢迎把它分享给你的朋友,谢谢。